A Igreja sempre foi um braço do Estado português na Colônia, no entanto, contrariando as diretrizes da Santa Sé, vários grupos religiosos atuaram politicamente em movimentos sociais que questionavam a ordem vigente, como foi o caso da Conjuração Mineira. Os clérigos inconfidentes mostravam grande interesse por filosofia e política e, ao mesmo tempo, um maior desprendimento da vida sacerdotal, que podia significar não apenas maior participação na política, mas também uma atitude tão corrupta em relação aos negócios quanto a de seus pares leigos. A levar-se em conta relatos da época, podemos dizer o mesmo quanto ao seu comportamento privado, considerado muitas vezes imoral. Sobre alguns deles, por exemplo, pesavam acusações de relações impróprias com suas fiéis. Eram leitores das ditas “ciências profanas” (filosofia, história, literatura, etc) – principalmente o cônego Luis Vieira da Silva que possuía uma das melhores e mais modernas bibliotecas da capitania – e tinham como referência autores como Voltaire, Raynal e Montesquieu (ver ESCRITOS PERIGOSOS). Os principais réus eclesiásticos que se envolveram na conjuração foram: o cônego Luis Vieira da Silva, e os clérigos Carlos Correia de Toledo e José da Silva Oliveira Rolim. Contudo, o total de cinco réus eclesiásticos foram enviados a Lisboa – Luís Vieira da Silva, José da Silva e Oliveira Rolim, José Lopes de Oliveira, Carlos Correia de Toledo e Melo, e Manoel Rodrigues da Costa –, onde deveriam cumprir prisão perpétua, mas tiveram parte de suas penas atenuadas. Os clérigos inconfidentes não receberam sua sentença no Rio de Janeiro, como os civis e militares: foram encaminhados a Lisboa, onde d. Maria I faria a declaração da sentença definitiva. Oliveira Rolim foi sentenciado a 15 anos nos mosteiros de Lisboa, mas em 1805 já estava de volta ao Brasil. Correia de Toledo morreu em Portugal, e Vieira da Silva retornou ao Brasil em data incerta. Manoel Rodrigues, outro inconfidente religioso menos conhecido, condenado a dez anos de cárcere em Lisboa, retornou ao Brasil e tornar-se-ia um dos primeiros membros do Instituto Histórico e Geográfico do Brasil, e também deputado por Minas Gerais.