Passou a integrar o território português em 1249, à época da reconquista cristã feita rei d. Afonso III. Em setembro de 1540, foi elevada à categoria de cidade pelo rei d. João III. Com a mudança da sede do bispado de Silves para Faro, em 1577, adquiriu uma nova importância econômica e política. Em 1755, a cidade foi seriamente danificada pelo terremoto que destruiu Lisboa e praticamente todo o sudoeste de Portugal. Um ano após a catástrofe, foi elevada à capital do Algarve.