Órgão de investigação e repressão da Igreja Católica, o Santo Ofício foi fundado pelo Papa Paulo III, em 21 de julho de 1542, com a justificativa de "combater a heresia". Além de Portugal, o Santo Ofício estendeu sua ação a várias regiões no Ultramar, quer no Atlântico, quer no Índico, pois esteve também presente em algumas possessões lusitanas no Oriente. A extensão geográfica da ação inquisitorial ensejou grande circulação de pessoas pelo Império português, fossem réus, fossem seus próprios agentes que, investidos pelo poder do Santo Ofício, vasculharam regiões na busca de hereges e no cumprimento de ordens dos inquisidores. (Ver também Tribunal do Santo Ofício da Inquisição, Conselho Geral do Santo Ofício)