As Mesas eram uma espécie de Conselho que compunha a estrutura político-administrativa das ordens terceiras. Cabia à Mesa avaliar os que manifestassem interesse em ingressar na associação, da mesma forma que decidiam sobre aqueles que, por não cumprimento das leis do estatuto da Ordem, deveriam retirar-se da mesma. Os integrantes da Mesa eram escolhidos por meio de votação, restrita à participação masculina. O cargo de ministro era o mais importante dentro desse corpo deliberativo. As eleições para essa função e a dos demais mesários baseava-se em uma lista elaborada pelo secretário da Mesa, o qual indicava três irmãos para o cargo com base nas qualidades necessárias. Essa lista era divulgada ao público um mês antes da eleição, sendo a votação secreta. O método de seleção e decisão das Mesas era bem mais fechado na Ordem de São Francisco do que na Ordem do Carmo. Embora a participação feminina nos cargos da Ordem estivesse prevista nos estatutos, as irmãs estavam excluídas de integrarem as Mesas. A elas cabiam arrecadar as contribuições em dinheiro e, posteriormente, poderiam ingressar nos cargos de zeladoras e vigárias de culto divino, com atribuições semelhantes à dos irmãos nesses cargos.