A Universidade de Coimbra, fundada em 1290 por d. Dinis, foi a principal responsável pela formação acadêmica da elite do império português (metropolitanos ou colonos). Desde 1565, esteve sob a direção dos padres jesuítas e, em 1772, durante a administração do marquês de Pombal, sofreu sua principal e mais significativa reforma, que resultou em novos estatutos e que fazia parte de um plano mais geral de reforma do ensino em Portugal e seus domínios iniciada pelo mesmo Pombal em 1759, com a expulsão dos inacianos dos territórios portugueses e do sistema de instrução pública. Em um primeiro momento, apenas os Estudos Menores (ensino elementar e médio) sofreram mudanças efetivas, deixando-se os Estudos Maiores (superior) para um período posterior, quando a nova base da instrução estivesse organizada. Em 1771, então, d. José I formou a Junta da Providência Literária, incumbida de avaliar o estado da Universidade durante o período em que esteve sob administração dos jesuítas e a proposição de mudanças, a fim de melhorar o ensino, conforme sua orientação. Organismo criado com funções consultivas para apoiar o Estado na sua política de reforma educativa, a Junta, composta também por membros da Congregação do Oratório – formada por padres seculares e responsável pela renovação da mentalidade pedagógica portuguesa –, redigiu os novos estatutos da universidade. Seus trabalhos estavam balizados em amplo material em que se evidencia a importância da obra Verdadeiro método de estudar, do oratoriano Luís Antônio Verney, que fazia duras críticas ao método de ensino inaciano. A direção geral da reforma foi no sentido de promover a secularização e modernização do ensino superior, entendidas como dar um conhecimento mais técnico, crítico e pragmático, informado pelos princípios das luzes e da ciência, para a formação de cidadãos “úteis” ao Estado e à administração pública. Deste modo, foram reformuladas as Faculdades de Filosofia e de Matemática, introduzidos os laboratórios para aulas práticas, a organização dos cursos e das disciplinas foi alterada, de modo a seguir um novo método, e toda a metodologia de ensino e os compêndios usados pelos jesuítas foram proibidos e substituídos, bem como a duração das aulas e dos cursos foi encurtada. Os professores religiosos deveriam ser paulatinamente substituídos por leigos escolhidos por seleção pública. Para realizar a reforma foi nomeado d. Francisco de Lemos de Faria Pereira Coutinho, intitulado bispo reformador da Universidade de Coimbra, natural do Brasil, que ficou à frente da administração da universidade entre 1770 e 1779 (e depois entre 1799 e 1821) e que executou a reforma, nos moldes dos novos estatutos.