Órgão criado em 1782 durante o reinado de d. Maria I, visando centralizar a fiscalização das práticas médicas na América portuguesa, onde o controle estava a cargo dos representantes da metrópole, que atuavam com base em regulamentos, avisos e alvarás expedidos pela Coroa (“Escola de Cirurgia da Bahia”. In: Dicionário Histórico-Biográfico das Ciências da Saúde no Brasil (1832-1930). COC / Fiocruz – http://www.dichistoriasaude.coc.fiocruz.br). A criação do Protomedicato vinha substituir o sistema anterior de fiscalização, dado pelo Regimento de 1742-1744, que dispunha sobre as atribuições de comissário para os médicos e examinadores visitadores, atividades que proporcionavam retorno financeiro principalmente aos visitadores, como afirma Laurinda Abreu, que se refere ainda a uma estrutura mais complexa, a partir de então, nos quadros locais de fiscalização, como se verifica em 1784 com as nomeações para os cargos de escrivães dos comissários da repartição de medicina e farmácia na Bahia e em Pernambuco (A institucionalização do saber médico e suas implicações sobre a rede de curadores oficiais na América portuguesa. Tempo, Niterói, v. 24, n. 3, p. 493-524, Dec. 2018). A partir de 1799, o Protomedicato é elevado à categoria de Tribunal Régio com presença mais expressiva no Brasil do que no Reino, onde encontraria oposição da parte de outros representantes do exercício da medicina, cirurgia e farmácia. A Junta reunia cinco médicos, dois cirurgiões e toda uma rede de comissários e visitadores gerais e tinha entre seus objetivos o combate às formas populares de práticas curativas. A criação do órgão se deu ainda a partir da suspensão dos cargos de físico-mor e cirurgião-mor do Reino, tradicionais opositores da Universidade de Coimbra, entre outras posturas corporativas, segundo Bruno Barreiros (As complexas teias da medicina popular. Projeto político e resistências populares em Portugal no século XIX. CEM n.º 5/ Cultura, Espaço & Memória, 2018). Com a instalação da Corte no Brasil e a criação da Fisicatura Mor, a Junta do Protomedicato foi extinta por alvará de 7 de janeiro de 1809.