Era o órgão principal da hierarquia da Inquisição e dele faziam parte o inquisidor geral, os deputados, um secretário, e quatro oficiais. Centralizava decisões importantes e deliberava sobre consultas não somente sobre os processos, sentenças, mas também instruções sobre preparação dos autos de fé, conflitos de jurisdição, situação financeira dos tribunais, visitações locais e a própria vida cotidiana dos tribunais, seus membros e a relação com outras potências europeias e o Papado. (Ver Tribunal do Santo Ofício da Inquisição)