Na condição de órgão de governo, a Junta da Administração decidia e geria todos os assuntos concernentes à Companhia. Propunha ao rei as medidas legislativas consideradas necessárias, diretamente ou através do procurador que mantinha em Lisboa, junto à Corte, executava as suas decisões, fiscalizava a produção e o comércio dos Vinhos do Alto Douro, das Aguardentes e vinagres, superintendia na arrecadação dos impostos régios comissionados à Companhia, exercia funções de inspeção sobre os estabelecimentos do ensino técnico do Porto e sobre obras da cidade e negociava como qualquer outra administração de uma empresa comercial. De acordo com o aviso de 9 de agosto de 1756 e os estatutos gerais da Companhia, constituía-se de um órgão colegiado, inicialmente com mandato de três anos, formado por um provedor, doze deputados, seis conselheiros e um secretário. O provedor e deputados seriam Vassalos do rei, naturais ou naturalizados, excluindo, portanto, os estrangeiros, que podiam ser acionistas, mas não administradores, moradores no Porto ou no Alto Douro, com um mínimo de 10 000 cruzados em ações da Companhia. Os conselheiros eram recrutados entre os “homens inteligentes” do comércio. Esta composição foi alterada pela carta régia de 16 de dezembro de 1760, que reduziu o número de membros da Junta a um provedor, um vice-provedor e sete deputados, além do secretário. Essa composição se manteve até 1834. A Junta da Companhia reunia-se na sua Casa de Despacho, as terças e sextas-feiras. As reuniões podiam ainda ser extraordinárias, através de convocatória do provedor aos deputados. As faltas às reuniões, por parte dos deputados, tinham de ser justificadas. O impedimento de qualquer deputado por mais oito dias levava à sua substituição por um dos deputados do ano precedente. A Junta de Administração foi extinta juntamente com o fim da Companhia Geral da Agricultura das Vinhas do Alto Douro definido pelo decreto de 30 de maio de 1834.