Poder autônomo que a Igreja Católica Apostólica Romana tinha em julgar as questões que dizem respeito ao culto e à sua organização interna. As terras da América portuguesa estavam sob a jurisdição eclesiástica da Ordem de Cristo e lhe eram tributárias. A intervenção da Igreja, na área temporal, resulta sobretudo do fato de possuir um direito próprio, o direito canônico, e das Ordenações legitimarem a sua ação em matéria de pecado, quando a causa em questão não estivesse determinada por lei, estilo ou costume. Em certas matérias penas e civis, como heresia, apostasia, feitiçaria, adultério, os tribunais eclesiásticos julgavam todas as pessoas, leigos e clérigos. A partir do século XVI, a competência dos tribunais eclesiásticos tornou-se cada vez mais restrita, perdendo toda a competência exclusiva, salvo nas matérias disciplinares da Igreja, ao longo dos séculos XIX e XX.